MRI 데이터 분석에 필요한 FreeSurfer 설치에 대해 적어보려한다.
FreeSurefer 설치
FreeSurfer는 Mac과 Linux OS에서만 지원을 한다. 따라서 다른 OS를 이용중이라면 가상환경을 설치하는 것을 추천한다.
Linux 사용자 기준으로 작성을 해보려한다. 만약 Mac를 이용하고 있다면 Mac.ver을 참고하면 좋을 것 같다.
freesurfer 압축 파일 다운로드
2024-05-08월 기준 7.4.1 release를 다운받으면 된다. 본인은 위의 사진 맨위에 압축파일을 다운받았다.
압축 풀기
본인이 사용하는 환경에서 압축을 풀어야한다.
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$ cd $home
$ pwd
/home/tester
tar.gz 압축 풀기
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$ tar -zxpf freesurfer-linux-centos7_x86_64-7.4.1.tar.gz
압축이 풀렸다면 freesurfer 폴더가 생겼을 것이다.
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$ cd freesurfer
$ pwd
/home/tester/freesurfer
FreeSurfer 실행
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$ export FREESURFER_HOME=$HOME/freesurfer
$ source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
해당 코드는 FreeSurfer 공식 문서를 참고한 코드이다. 아마 SetUpFreeSurfer라 되어있지 않은 경우도 있을 것이다.
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ls
ls 명령어를 통해 SetUpFreeSurfer.sh가 이름이 어떻게 되어있는지 확인해보고
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$ source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
SetUpFreeSurfer.sh에 해당하는 이름으로 바꿔주면 된다.
Freesurfer 실행화면
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-------- freesurfer-linux-centos7_x86_64-7.2.0-20210720-aa8f76b --------
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME /home/tester/freesurfer
FSFAST_HOME /home/tester/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR /home/tester/freesurfer/subjects
MNI_DIR /home/tester/freesurfer/mni
위의 나와 있는 경로가 설정되어있을 것이다. ex) cd $FREESURFER_HOME
.bashrc setup (optional)
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.bashrc 셋업하는법 - freesurfer 예시
1. vim .bashrc (or nano .bashrc or gedit .bashrc)
2. 아래 코드 추가 (path는 예시입니다)
alias fs='export FREESURFER_HOME=/autofs/cluster/freesurfer/centos7_x86_64/7.4.1 &&\
export FSFAST_HOME=$FREESURFER_HOME/fsfast &&\
export SUBJECTS_DIR=$FREESURFER_HOME/subjects &&\
export MNI_DIR=$FREESURFER_HOME/mni &&\
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh' # type 'fs' when I need freesurfer env
밑의 코드를 통해 fs만 치면 위의 실행과정을 해주지 않아도 된다.